Brunet và các cố vấn khác của Pháp đã bị chính phủ mới truy nã. Nhưng họ được một tàu chiến Pháp (chiếc corvette Coëtlogon, dưới sự chỉ huy của Dupetit-Thouars) sơ tán kịp thời khỏi Hokkaidō và sau đó được tàu Dupleix đưa đến Sài Gòn. Brunet quyết định trở về Pháp. Chính phủ mới của nước Nhật đề nghị phía Pháp trừng phạt Brunet vì các hoạt động của ông trong Chiến tranh Boshin. Nhưng hành động của Brunet đã giành được sự ủng hộ của công chúng, cho nên chính phủ Pháp đã từ chối yêu cầu đó.

Thay vào đó, ông chỉ bị đình chỉ chức vụ trong sáu tháng và tái gia nhập quân đội Pháp vào tháng 2 năm 1870 chỉ với một sự mất mát nhẹ về thâm niên. Trong cuộc Chiến tranh Pháp-Phổ năm 1870-1871, ông bị bắt làm tù binh tại Cuộc vây hãm Metz. Sau chiến tranh, ông đã đóng một vai trò quan trọng như là một thành viên của đạo quân Versailles trong sự kiện trấn áp Công xã Paris vào năm 1871. Ông trở thành sĩ quan nhận huy chương Légion d'honneur vào tháng 9 năm 1871 và giữ chức aide de camp (sĩ quan phụ tá) cho Bộ trưởng Bộ Chiến tranh.